L'objectif des parcours recherche est d'apporter une formation par et à la recherche à de futurs chercheurs, enseignants-chercheurs, ingénieurs de recherche et ingénieurs d'études en écologie fonctionnelle et en écologie évolutive.
Ces activités pourront s'exercer dans un organisme de recherche français (CNRS, INRA, IRD, CEMAGREF), européen ou étranger, ou un établissement d'enseignement supérieur (Université ou Ecole d'ingénieurs), suite à des concours de recrutement de ces organismes à différents niveaux.
Les poursuites d'études envisagées peuvent être un doctorat dans l'une des Ecoles Doctorales toulousaines : SDU2E (Sciences de l'Univers de l'Environnement et de l'Espace) et SEVAB (Sciences Ecologiques, Vétérinaires, Agronomiques et Bioingéniérie). Elles peuvent également se faire dans l'une des nombreuses autres Ecoles Doctorales d'Ecologie françaises ou étrangères (en particulier européennes).

L'objectif des parcours professionalisants est de former de futurs ingénieurs d'études, chargés d'étude, chargés de mission en milieu naturel ou en espaces protégés, chefs de projet, ingénieurs écologues, ingénieurs des milieux naturels et ruraux, responsables secteur patrimoine naturel, conseillers en environnement, ingénieurs animateur de bassin versant, responsables environnement en entreprise, animateurs de veille en biodiversité, animateurs éducateurs au développement ou à l'agriculture durable, éco-interprètes, agents territoriaux, coordinateurs en biodiversité, paysagistes écologues, etc...
Des concours de la fonction publique et territoriale leur sont accessibles (Office National de la Chasse et de la Faune Sauvage, Office National des Forêts, ONEMA, Agent territoriaux...). Ces activités pourront aussi s'exercer, en CDD ou CDI, dans des Bureaux d'Etudes, des PME du secteur de l'environnement, des services de l'Etat, des collectivités territoriales (service environnement des conseils régionaux et généraux), des parcs naturels régionaux ou nationaux, des conservatoires, des réserves naturelles, des fédérations, associations et organisations internationales de protection de la nature.