L'objectif du parcours est d'offrir un cursus de haut niveau en écologie et en évolution aux étudiants passionnés de science et de nature, et fortement motivés par la formation par la recherche.

La formation privilégie la compréhension des processus écologiques et évolutifs qui sous-tendent la biodiversité sauvage, appréhendée à  différentes échelles de temps, d'espace et niveaux hiérarchisés d'organisation (gènes, génomes, organismes, populations, communautés, écosystèmes).  En parallèle avec les aspects les plus fondamentaux de l'écologie et de la biologie évolutive,  les aspects appliqués sont nettement intégrés dans les problématiques abordées au cours de la formation, tant pour la protection de la nature, des populations, espèces, et communautés sauvages,  que pour les services rendus aux êtres humains par les écosystèmes.


Comme pour la plupart des formations académiques de haut niveau où la formation est axée sur la compréhension des mécanismes d'acquisition des connaissances et où la poursuite d'études est majoritairement orientée vers un doctorat, l'accent est mis sur l'apprentissage de la recherche par la recherche, et le second semestre est consacré en M1 à un stage d'initiation à la recherche (2 mois) et en M2 à un stage long de recherche (5 mois) dans des laboratoires de recherche.


La pédagogie fait appel le plus largement possible au travail en autonomie et/ou en groupe et s'appuie sur l'analyse des processus d'acquisition des connaissances scientifiques, en favorisant la prise de recul vis-à-vis de ses propres conceptions et préjugés, mais aussi de la connaissance scientifique et de son rôle dans la société. Le parcours comprend plus spécifiquement des cours et TD dispensés par des universitaires et des chercheurs de renommée internationale, des conférences, des ateliers pratiques, la réalisation de projets,  l'apprentissage intensif du processus d'argumentation scientifique et de celui de sa communication par écrit ou à l'oral.

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Depuis la mise en place du Master en 2004, environ 3 étudiant.e.s sur 4 ont obtenu des financements pour poursuivre en doctorat, 1/3 d'entre eux à l'étranger, principalement en Europe mais aussi en Amérique du Nord et en Australie, et nombre d'entre eux sont devenus depuis chercheurs ou universitaires. Les autres étudiants ont dans leur grande majorité des activités professionnelles en rapport avec leur niveau d'étude (enseignants SVT,  ingénieurs écologues, coordination de projets, product marketing manager, responsable pôle agro-écologie et développement durable dans des entreprises, ...). Les autres sont en voyage, médecins, pharmaciens, vétérinaires, épiciers ...