Le M1 BEE contient beaucoup d'UE optionnelles, mais le choix de ces dernières est contraint pour permettre la réalisation d'un emploi du temps sans chevauchements d'horaires. Ainsi, les UE optionnelles se trouvant dans un même bloc ne sont pas compatibles entre elles et la liste des UE optionnelles qui peuvent être choisies dépend du type de stage effectué (continu ou discontinu). Certaines UE optionnelles sont également fortement recommandées par les responsables de parcours, ce qui contraint le choix des autres UE optionnelles.